「君の名は。」の原作の結末が変更されたと言われています。新海誠氏はそうではないと明言した。

日本の朝日テレビで『君の名は。』が放送された後、ネットユーザーの間で再び白熱した議論が巻き起こった。新海誠監督自らが編集した結末に加え、新海誠監督の当初の構想は三葉と瀧が絡み合う「バッドエンド」だったという噂も流れ、その後、新海誠監督自らが名乗り出て事実を明らかにした。

テレビ朝日系で放送された『君の名は。』の放送後、一部のファンの間で、三葉に彼氏がいるという設定が制作者によって改変されたことに加え、三葉と瀧が絡み合う「バッドエンド」という新海誠監督の原作設定も制作者の都合で改変されたと主張する声が上がっている。その後、新海誠監督は、当初の設定は「ハッピーエンド」であり、プロデューサーのせいで結末が変更されたわけではないと釈明した。

また、新海誠監督は『秒速5センチメートル』は「バッドエンド」ではないとも述べている。貴樹は初恋を逃したが、最後に見せた笑顔は一歩ずつ前に進み始めたことを表していたが、視聴者からするとこの結末はとても悲しい感じがする。